Las medidas de este terrario, si buscas un poco por el foro, verás que es el mínimo recomendado para una sola pogona adulta, así que muy posiblemente sea un problema de territorialidad porque la más grande tiene dominancia sobre la pequeña.
Si las pudieras separar sería lo ideal, pero si no puedes, se me ocurren dos cosas (en plan chapuza):
La primera es limitar que establezcan contacto visual directo, y así, al no ver a nadie cerca, no temen que alguien les pueda entrar en su territorio y entonces se vuelvan agresivas. No te estoy diciendo que pongas un muro a la mitad del terrario porque esto les va a dejar poco espacio, pero si puedes poner algun obstáculo de por medio, a lo mejor podría servir; como si fuera un laberinto muy rudimentario porque así podrían ir de punta a punta pero no se verían entre ellas a no ser que estuvieran al lado una de la otra.
La segunda la puedes hacer si el terrario es un poco alto (aunque no suele ser así en caso de pogonas): se trataría de hacer un segundo nivel (tipo estantería)l que se pueda acceder a través de una rampa o un tronco inclinado y del que idealmente no deberían caerse (éste es el motivo porque este tipo de terrarios no suelen ser altos). Además de ganar más superficie, habría la posibilidad de que cada una estuviera en una planta distinta y se minimizarían los ataques. Eso sí, habría que mirar que las luces no queden demasiado cerca y puedan ocasionar quemaduras/sobreexposición de UV, y que la temperatura en el nivel principal siga manteniéndose correcta.
Espero que te sirva.