El único hongo que debe preocuparnos es Batrachochytrium dendrobatidis causante de la quitridiomicosis, los mohos que salen al principio en el terrario como comentan desaparecen con el tiempo y de no hacerlo, que siempre lo hacen, no serían perjudiciales más allá del efecto estético que den al terrario.
Cuando el terrario ha madurado pueden (y en mi opinión deberían) aparecer hongos más complejos, como Ascomycetes y Basidiomicetes, los que forman setas, estos hongos junto con bacterias, colémbolos y demás microfauna y microflora, van a dar vida a nuestro terrario y convertirlo en un pequeño ecosistema, y ayudarán a regular los ciclos, principalmente de nutrientes, reciclando y depurando excrementos y materia orgánica, gracias a todos ellos nuestro sustrato, las plantas y animales, el terrario en general, será más saludable y funcionará mejor.
Por cierto, para el que no lo sepa, se calcula que más de un 90% de las plantas de la Tierra, árboles incluidos lógicamente, viven en simbiosis con hongos mediante micorrizas, muchas especies incluso no podrían existir sin estas micorrizas, imaginad hasta donde llega la importancia de los hongos.
Saludos