Hombre, te estas dirigiendo a un grupo de personas muy concreto, es normal que tarden las respuestas.
Yo no lo se realmente porque por suerte no he sufrido este asolador problema aún, pero buscando un poco sobre el tema me he encontrado esto:
"Gracias a su pared gruesa, los ooquistes de Cryptosporidium resisten los tratamientos químicos usuales: no sufren alteración después de ser expuestos a 80 ppm de cloro/30 min, e incluso pueden tolerar 24 h en el cloro utilizado para blanqueado de ropa.
El empleo de ozono (1 ppm x 5 min), la congelación o calentamiento (>72° C durante 1 min ó 45 °C por 10 min después de iniciada la ebullición) son métodos más efectivos. Permanecen viables al cabo de una semana en la mayoría de los congeladores caseros. Debido a su tamaño, únicamente los filtros capaces de remover partículas de 1 µm resultan confiables.
Se considera una cloración adecuada del agua cuando se confirma una concentración de cloro residual de 0.5 mg/l (0.5 p.p.m). "
Por lo que se puede extraer de este texto no se deben plantear tratamientos químicos usuales por lo que empezaría descartando el amoniaco. Yo personalmente en tu caso compraría un bote de "cloro choque" o de acción rápida que lo venden en prácticamente todos los supermercados. Haría una mezcla lo mas alta posible de cloro (cuidado con los vapores) y regaría bien todo el terrario, intentando dejar encharcado cada lado con la solución el mayor tiempo posible. Después de esto retiraría y limpiaría toda el agua con cloro con una vaporeta o un limpiacristales de vapor insistiendo al menos durante 1 minuto en cada parte del terrario. Con esto conseguirías un efecto doble de alta concentración de cloro y vapor de agua a mas de 100ºC. Si quieres asegurarte bien y quieres un tripe efecto añadiría una disolución de formol mas que de amoniaco pero si usas este último si conlleva cierto peligro para el nuevo animal si no se retiran todos los restos a conciencia.
En cualquier caso, especialmente si el animal es muy valioso, me plantearía muy seriamente la adquisición de un nuevo terrario y dejaría este después del tratamiento comentado para otras especies mas comunes y/o resistentes.