Buenas Zhahje, desde luego uno de los problemas de mantener esas pitones juntas es la dificultad en controlar la alimentación, defecación, mudas, etc... de una forma individualizada, y si además no se lleva un registro escrito (esto lo digo en general, no sé si tu lo llevas o no) de estos asuntos, pues se hace complicado el seguimiento de cada ejemplar.
En mi opinión, las boas y pitones, y por defecto cualquier serpiente en general, mejor en terrarios individuales, evidentemente salvo en temporada de reproducción, durante la cual en mi caso se suprime totalmente la alimentación y por lo tanto prácticamente la defecación, salvo en ciertas especies, a las cuales alimento por separado, y luego vuelvo a juntar las parejas.
Respecto a tu tema concreto, una obstrucción de cierta importancia sí que podrías notarla con una palpación abdominal, si fuera localizada en un punto por acúmulo de sustrato o de heces.
Lo cierto es que en el caso de comentas, y más en estas fechas, el que una regius te deje de comer durante 3 semanas no debería preocuparte demasiado, aunque haces bien en estar alerta. En tu lugar, yo pesaría al animal, y vigilaría que su peso no disminuya de una forma significativa, me cuidaría de que siempre tenga agua fresca para beber y mantener su hidratación correcta, y ten en cuenta, que si tus regius ya no son babys, quizás estés ante los primeros síntomas de una preparación para el ciclo reproductivo, en este caso la anorexia sería de lo más normal, y mucho más si el ejemplar es un macho.
Por último, en caso de observar haces con aspecto extraño, ya sabes, una muestra en un recipiente y te vas al vet, que te hagan un coprológico y así descartas posibles problemas de parasitosis.
Saludos, y si te quedan dudas, concreta algo más de tus bichejos.