En casi todo lo que se ha dicho estoy de acuerdo, hay que sembrarlas en tierra para macetas o cualquier otro substrato no inerte como pueda ser la fibra de coco, aunque si el suelo es muy arcilloso o pesado se le puede añadir algo para mejorar su textura.
El tomate necesita bastante profundo, ya que tiene un sistema radicular grande.
En cuanto a los hongos, mas que un problema debido al exceso de agua, es un problema debido al la falta de evaporación y el aumento de la HR en el interior de la planta, por lo que lo mas conveniente es podarla y entutorarla.
Para podarla, lo que se suele hacer es ir eliminando las ralmas que salen en las axilas de las hojas, pero con cuidado de no quitar las flores, que tambien alen de la misma forma, e ir entutorandola, de esa forma, el aire circula a traves de la planta haciendo mas dificilla aparición de la mayor parte de los hongos,salvo uizas el oidio.
Un déficit de agua, puede provocar la perdida de los frutos, así que yo lo regaría como a cualquier otra planta, que esté la tierra siempre húmeda pero no encharcada.
Suerte con ellos