Hola!
No es tan raro que un gecko ingiera parte del substrato, el problema es que ese sustrato al ser ingerido le produzca alguna obstrucción intestinal, y la vermiculita podría hacerlo porque tiende a compactarse.
En cuanto a la razón de este comportamiento, los diferentes estudios realizados con varios reptiles explican que la ingestión de piedras, tierra, etc tiene su origen en dos factores: el uso de estos elementos ingeridos en el proceso de digestión (suele ocurrir en reptiles de tamaño medio grande), y para la obtención de calcio (en estado salvaje estos ejemplares estarían ingiriendo sustratos que sometidos a las enzimas digestivas proporcionan una fuente de calcio adicional).
Hay casos en los que este hecho se debe a un problema comportamental del ejemplar que le lleva a ingerir objetos de forma indiscriminada o incluso a auto mutilarse, aunque son los casos menos frecuentes.
La solución a este problema, según la bibliografía que he consultado, estaría en colocar continuamente en el terrario un recipiente con carbonato cálcico para que el gecko pueda ingerirlo en el momento que quiera(puede utilizarse los "huesos" de jibia o calamar que se le ponen a los canarios machacados) o por utilizar un substrato que cuando sea ingerido no pueda provocar este tipo de problemas, por que siempre hay que contar con que una parte del mismo va a ser ingerida accidental o voluntariamente. Hay ya substratos en el mercado, denominados arena de calcio que evitan este problema, y uno más económico y de iguales características, es la arena de playa (compuesta en su práctica totalidad por trozos de conchas, es decir carbonato cálcico) que en el caso de ser ingerido no porvocaría este problema de obstruciión intestinal.
Un detalle a tener en cuenta, es que la granulometría del substrato esté en consonancia con el tamaño del animal para evitar accidentes, pues a una cría de gecko le va a resultar más dificil que a un adulto "digerir" un grano de arena de calcio por una cuestión de tamaño.
En el caso de que se intenten "merendar" el substrato destinado a la puesta, se podría cambiar por musgo, que en el caso de ser ingerido no provocará tantos problemas como la vermiculita.
Un saludo
dino