La siliciona para acuarios para las esquinas te irá bien, aunque depende de lo que vayas a hacer, igual tienes que reforzar las esquinas.
Para impermeabilizar, existen barnices epoxi bastante majos, incluso puedes hacer acuarios de madera usando tablero fenólico e impermeabilizando por dentro con barniz de éste (otra cosa es que tenga sentido un acuario opaco, pero bueno). Eso sí, tendrías que dar un mínimo de tres capas, y cada vez que des una capa, te estropea la brocha o rodillo que utilices (al endurecer se queda como una piedra).
Un saludo.