hola nerovingio, lo primero de todo bienvenido al foro! 
Bueno, lo del tronco de vid, no te preocupes que no se va a pudrir, puedes mojarlo cuanto quieras, yo no lo barnizaría.
Lo de la espuma de poliuretano, pues depende, si solo vas a cubrir lo que es el fondo, y no quieres que se vean blanco en los laterales, puedes poner unos cartones para evitar que se expanda hasta pegarse al cristal, y luego los quitas con ayuda de un cuter, y lo cubres de silicona y fibra de coco, tambien puedes poner trozos de xaxim en los laterales, ademas despues puedes enraizar plantas y si tiene buena luz y agua, puede que le salgan pequeños helechos y demas.
Pero eso ya depende de tu gusto.
Yo era novata hace poco en esto de los terrarios y enganchan un monton jeje 
Ya sabes, cuando lo estes montando animate a ponernos unas fotillos para verlo!
saludos!