Buenas:
La idea es buena, y aunque no tengo experiencia personal con algo así, creo que los posibles beneficios respecto a montar los terrarios por separado y luego meterlos en la estantería son pocos. Es decir, en el mejor de los casos ganas algún cm extra al ser los perfiles parte de la propia estructura, pero ya.
Si fuera solo forrar la estructura con tela metálica a modo de jaula pues sí sería más simple y rápido todo, pero por lo que comentas tu idea es hacerlo bien, con aislante, cristales y demás. Muchísimo más sencillo montarlos de forma independiente pudiendo trabajar cómodamente. Además el poder sacarlos te da más flexibilidad el día de mañana.
Hagas lo que hagas finalmente, por favor adjunta fotos que tengo curiosidad por ver el resultado final
Saludos.