El problema de la contaminación genética está en la posibilidad de perder aquellas características (tanto físcas como fisiológicas) que permiten a los individuos sobrevivir en un entorno en concreto. Por poner un ejemplo real, una mala gestión que hicieron los del departamento de caza y pesca fue hacer un reforzamiento de las poblaciones autóctonas de truchas de rio con ejemplares centro-europeos. El problema está en que las poblaciones ibéricas están sometidas a unas condiciones de sequía que no se dan a centro-europa. Cuando los rios se secan y sólo quedan charcos, el oxigeno del agua disminuye. Solamente las poblaciónes autóctonas estaban adaptadas fisiológicamente a estos niveles de oxigeno tan bajos. En cambio los individuos centro-europeos y los hibridos de estos con los autóctonos se mueren con estas concentraciones. De allí que todas las poblaciones con cierto grado de hibridación ahora están más jodidas que antes (cuando sus poblaciones eran reducidas pero que se podían recuperar si se hubiese hecho una veda de unos pocos años).
Otro caso es el de la pantera de florida, que sólo contaba con 14 individuos puros. Lo que hicieron fue buscar un número mínimo de ejemplares de la subespecie más cercana, para preservar al máximo la identidad de la subespecie de florida.
La contaminación genética es un asunto muy serio y no se puede tomar a la ligera. Es por eso que siempre recomiendo no tener autóctonos y menos aun soltarlos en otra región que no sea la suya de origen.
Y además, actualmente se está viendo que muchas de las cosas que se consideran la misma especie en realidad son un grupo de especies muy parecidas, pero que están muy bien diferenciadas genéticamente. Ejemplo de ello es el caso de Buthus occithanus que ahora mismo se ha dividido en 4 especies distintas que únicamente se pueden diferenciar genéticamente. O el caso de Bufo viridis balearicus que ahora pasa a ser B. balearicus. Así que puede ser que al liberar individuos de una supuesta misma especie, lo que puede estar fomentandose es la hibridación i perdida de especies.
