Te funcionará igualmente. Pero ten en consideración lo siguiente:
Al emplearlo impulsando aire hacia el paludario, el aire que circula por el ventilador es el de la habitación donde se encuentre el paludario, con condiciones de temperatura y humedad normales (digamos 20ºC, 50% HR) para las que está diseñado el ventilador.
Sin embargo, al emplearlo extrayendo aire, el aire que circula a su través es el del paludario, con temperatura y humedad mucho más elevadas (30ºC, 90%HR). El ventilador no está diseñado para eso y se puede estropear si se condensa agua en sus internos.
Conclusión: seguramente de igual, pero si algún día se te estropea, ya sabes a qué se debe.