Buenas, es normal en esta especie hacer varias puestas de huevos a lo largo del tiempo, pudiendo poner entre 1 y 2 huevos por puesta. No sé los procedimientos que habras hecho pero tampoco es anormal que salgan huevos infertiles por lo que no tiene que ser necesariamente por algo que hayas hecho mal.
Dicho esto, deberas proporcionarle a la hembra un ponedero en el terrario que podra ser un tupper con 4 o 5 dedos de fibra de coco humedecida, de este modo la hembra dispondra de un lugar donde enterrarlos. Una vez los ponga deberas extraerlos con mucho cuidado y siempre asegurandote de dejarlos en la misma posicion en la que estaban, si te ayuda puedes hacerles alguna marca en la superficie del huevo para saber que parte estaba hacia arriba. Deberas poner los huevos en un tupper con vermiculita humeda (proporcion 50 y 50, es decir misma cantidad de vermiculita que de agua) es importante que el tupper tambien tenga respiraderos, y luego los metes en la incubadora. En cuanto a la temperatura, como no especificaste si son geckos leopardo o crestados u otro puede variar segun la especie. Si son geckos leopardo yo lo pondria a unos 28ºC, seria una temperatura optima para ellos y podrian salirte tanto hembras como machos. Si son geckos crestados una temperatura entre los 20ºC y los 25ºC estaria bien. Recuerda que segun la especie el tiempo de incubación y eclosion de los huevos puede variar. Te aconsejo que los revises periodicamente y compruebes temperatura y humedad, y posibles apariciones de hongos en los huevos.