La sal daño no le va hacer, pero es que generalmente se usa para prevenir hongo, en tortugas de caparazon blando va bien hecharles un poquito de sal para prevenir hongos, pero para quitar algas del caparazon veo mejor que lo hagas de forma manual con un cepillo de dientes a con una esponjita poco a poco. Mira tambien el filtro que sea potente, a veces el exceso de nutrientes en el agua genera nitrato y favorece la aparicion de algas.
Saludos