Hola
Esto de las incubadoras es un mundo aparte, pero "yo" cierro los topper siempre, y le abro huecos chiquitos a la tapa y alrededor, para que circule el aire (importante para que los hongos no aparezcan), cada x tiempo (de 4 a 5 dias) a veces mas a veces menos lo abro y lo tapo otra vez, solo para que ventile y controlar la humedad, agregar agua si lo necesita, etc.
Lo del ventilador, si el topper esta abierto, JURALO que te esta secando los huevos.
El color amarillento no es senal de estar malos, no los tires, solo cuando tengan hongos, o presenten un inicio de descomposicion que es evidente.
Quitale el ventilador, o procura conectarlo a un Timer para que funcione un par de minutos al dia en periodos o intervalos mucho mas distanciados, solo para que se mantenga el aire circulando y no viciado o estancado.
Saludos
Pd: a tu pregunta de que si los huevos necesitan aire, pues si lo necesitan.