Si la distancia es de metros, ya solo se me ocurre pintar los caparazones, no todo... quizas, con pintar una vertebral media (lo que mas salga del agua) sea suficiente para desde lejos ver si es la que lo tiene pintado de blanco, de azul, de rojo, de... con las mudas, iran perdiendo el color y te tocará repintar y de paso las revisas, bicho en mano, para ver que no tengan heridas, ojos sanos, etc. que esos detalles tambien cuesta verlos a distancia.
Y si son muchas tortus, combinas 2 o mas colores, como con las aves que algunos ejemplares parecen ya un tenderete de feria con el nº y colores de las anillas.