No entiendo muy bien tu pregunta, tienes la lampara de luz (UVB espero) y la de calor, te refieres a si apagar la de calor por la noche?
Esto dependeria de las temperaturas, si aun con la lampara de calor consigues alguna zona donde la pogona pueda estar sobre los 25Cº más o menos no deberias tener problema en dejarla encendida.
La de luz deberias apagarla por la noche evidentemente.