deben estar por debajo del nivel del agua si no el agua no entraria dentro , pues entra por vasos comunicantes , hay una manera de hacer que los filtros esten encima y es poner un recipiente de cristal o plastico con la materia filtrante encima del acuario con una bomba dentro del acuario para hacer llegar el agua hasta alli y agujeros para que esta caiga por su peso una vez filtrada u otra bomba si el recipiente no tuviera agujeros para hacerla llegar otra vez al acuario.
saludos