Cogen agua y se hinchan. Por la zona mas debil, donde la membrana es mas fina (como por ejemplo en la zona de separacion de dos huevos) empieza a deformarse por haber menos resitencia que en el resto de zonas mas calcificadas y poco a poco se va formando un "huevo" en el huevo (valga la redundancia, je, je) y por eso aparece deformado. es lo mismo que pasa con los globos llenos de aire si dilatas mas de la cuenta una parte de su superficie, que cuando lo hinchas en esa forma se forma una protuberancia.
Lo de las pintas marrones, por si tienes curiosidad no es mas que motas teñidas, al ser la puesta en fibra de coco que es marron, algo del color de esa fibra de coco se queda en la zona de contacto