Hola! Los jerbitos deben estar con su madre hasta cumplir 6 semanas. Y hay que separar por sexos antes de la semana 8 para evitar que algun jerbillo precoz la líe jeje
Si antes de separarlos nace la segunda camada no te preocupes, los hermanos mayores no les van a dañar, al revés, ayudarán a cuidarlos.
Sobre el método de separación, pues ya depende un poco del espacio que tengas y como te vaya a resultar más fácil manejar los terrarios y limpiarlos. En jaula dividida van a poder olerse e interaccionar desde el principio eso sí, y facilita el juntarlos luego, pero si no te es posible tener una jaula suficientemente grande como para tener dos ambientes separados, no hay problema, pon jaulas independientes y después ve metiendo los nuevos machos con el método del territorio neutro (lo conoces?) o la jaula dividida.
Yo tengo un caso muy similar al tuyo (solo que llegaron a tener 3 camadas), por espacio los terrarios de machos y hembras están separados, y con el método de territorio neutro no tuvimos ningún problema en meter a los machitos nuevos con el padre y con los hermanitos mayores.
¿El macho sigue en la jaula con la hembra y las crías? Ten mucho cuidado, si vuelve a dar a luz entrará inmediatamente en celo de nuevo. Y si la primera camada fue hace 25 días, en menos de una semana ya podrías tener la segunda. Así que como aún falta para que puedas separar las crías de la madre, en este caso yo te recomendaría que hicieras un pequeño espacio dividido temporal, solo para el macho, donde pueda oler y ver a los otros jerbos, y cada día mete un ratito las crías que ya conoce con él, para que no se sienta solo y para que no "se olviden" . Cuando la primera camada tenga ya sus 6 semanas y puedas sexar a los jerbillos para separarlos, pues ya separas por sexos y decides si haces un terrario dividido o dos terrarios independientes. Para tomar esta decisión ten en cuenta sobretodo el tamaño de los terrarios y que las camadas pueden ser hasta de más de 10 crías (lo raro es que solo tuvieran 3 en la primera la verdad). Calcula unos 25 cm3 por jerbo. Siempre puedes empezar con una jaula dividida y si ves que la segunda camada es demasiado grande, comprar una segunda jaula y mudar allí a los machos.
Espero haberte ayudado!